【相談事例】一般社団法人を運営するにあたり実質的な支配権を持ちたい、１人で意思決定できるように設計したいです

定款で別段の定めを行い議決権を調整する

一般社団法人の社員は、最低２名必要となります（この社員が理事を兼ねることはもちろん可）。
理事の選任方法は、社員総会の普通決議によって行います（法人法63条1項、49条1項）。

株式会社と異なり、持分という概念はなく、社員は原則１人１個の議決権を有します。
しかし、例えば社員を２名（AとB）おいた場合にAとBの意見が対立した場合、決議がまとまらなくなるという支障が生じます。
これを避けるため、定款で別段の定めをすることが出来ます（法人法48条ただし書)。

具体的には、定款でAにだけ議決権を２個、Bは原則通り議決権１個とする定めをします。これによって決議がまとまらず立ち行かなくなってしまうという事態を避けることが出来ます。
また、これを利用することによって、理事をけん制することも可能です。

別段の定めを行う場合の注意点

なお、もう1人の社員Bに議決権を全く与えない定款の定めは無効となりますので必ず議決権を1個は与える必要があります。
議決権は、A10個、B1個にしておけば、事実上Aが決定権をすべて有することとなりますので、例えば、理事が好き放題することを防ぐことも可能となります
（何かあればＡの意思のみで理事を解任することが可能です）。