合併・商号変更・他管轄本店移転を同日に行うときの登記実務、順序設計・申請人表示・証明書取得タイミングを一気通貫で整理
結論（本コラムの要点）
・管轄外本店移転は旧→新の「経由同時申請」のため、新本店管轄で登記が受理・実行された後に旧本店管轄が閉鎖される。
・合併登記（存続・消滅）と管轄外本店移転は、一括に混ぜず系統ごとに分けて設計する（混在させると手続順序が破綻する）。
・商号変更は、本店移転「前」でも「後」でも運用上は申請可だが、履歴事項全部証明書に載せたい事実を基準に順序を組む。
・電子申請では、「手続終了」表示＝一連の完了ではない（存続会社のみ終了表示→消滅会社は未了、等）。証明書の取得可能時点と「手続終了」表示はズレる。
・申請人欄の本店表示は原則「申請時点の最新」だが、管轄外本店移転と併行する特殊ケースでは便宜旧本店表示を用いる実務がある。
基本フローと“経由同時申請”
管轄外本店移転（旧→新）
１．旧管轄に2件を同時申請
①旧管轄分（本店移転＋他の変更があれば同時に可能）
②新管轄分（「本店移転に関する事項」のみ。旧から新へ送付）
２．旧管轄で調査→新管轄へ送付→新管轄で受付・実行
３．新管轄完了の通知を受けて旧管轄が閉鎖
ポイント
・登記日は、新管轄は到達・受付日、旧管轄は閉鎖日。
・オンラインの「手続終了は旧管轄側の完了表示であり、新管轄の証明書はそれ以前に取得可能。」
合併＋管轄外本店移転をどう分けるか
合併と本店移転は系統ごとに分割する。
悪手（混在）を避ける
「存続会社の合併＋本店移転」を旧管轄で一括にすると、新管轄受理前に旧が閉鎖し得るなど、順序破綻のリスク。
推奨パターン（例）
パターンA（証明書に“合併”を確実に載せたい）
１．旧：本店移転（＋必要なら商号変更）
２．新：本店移転（経由受理・実行）
３．新：存続会社の合併登記／消滅会社の解散登記
→ 新本店の履歴事項全部証明書に合併（と必要なら商号変更）を反映。
パターンB（時間優先。旧でまとめたい変更が多い）
１．旧：存続会社の合併＋商号変更／乙：消滅会社の解散
２．旧：本店移転 → 新：本店移転
→ 新本店の履歴には合併が載らない（現効でないため）。旧の閉鎖証明書も併用して説明。
どちらも正解足り得る。“どの証明書に何を載せたいか／いつ必要か”で順序を選択する。
商号変更を「本店移転後に」申請できるか
・実務照会の結果、本店移転後に商号変更を申請することは可能。
・ただし、申請人表示（商号・本店）の整合と、証明書上の載り方が設計意図に合うかを確認。
・新管轄で合併＋商号変更を置く設計にすれば、新本店の履歴にまとめて載る。
申請人表示・委任状・改印の扱い
・本店表示：原則は申請時点の最新。ただし、
合併＋管轄外本店移転の同日連件では、便宜旧本店表示を用いる（委任状・株主リスト・上申書も旧本店で揃える）。
・商号：本店移転後に商号変更を申請する場合、先行手続の書類は旧商号、後続申請は新商号で整える。
・改印届：改印はいずれのタイミングでも可だが、新本店での取得時期や証明書運用を逆算して選ぶ。
電子申請の“表示”と証明書の取得タイミング
・合併（存続・消滅）を別管轄で処理する場合、存続会社が「手続終了」でも、消滅会社未了という表示が起こり得る。
・新本店の登記事項証明書／印鑑証明書は、新管轄登記完了の時点で取得可能（旧の「手続終了」を待たない）。
・実務では、電話等で新管轄の受付済確認→オンライン申請を行う場面もある。
よく使う順序設計（早見）
| 目的 | 順序（旧→新） | 証明書に載る事項（新本店・履歴） | コメント |
|---|---|---|---|
| 新本店の履歴に合併も商号も載せたい | 旧：本移→新：本移 → 新：合併＋商号 | 合併・商号・本店 | 二段階になる分、若干時間は要する |
| 時間短縮・旧で変更を先に固めたい | 旧：合併＋商号 → 乙：消滅 → 旧：本移 → 新：本移 | 本店のみ（合併・商号は旧の閉鎖側） | 証明関係は閉鎖事項証明書で補う |
| 商号変更を新でまとめたい | 旧：本移 → 新：本移 → 新：合併＋商号 | 合併・商号・本店 | 申請人表示の整合に注意 |
実務メモ（落とし穴）
・申請人の代表取締役の交代が絡むとき：申請権限者の時点管理に注意（旧本店での申請が無難）。
・役員の“並べ順”を新本店で整えたいニーズは根強い。先例により、新管轄への移記では申請側で順序設計が可能だが、別紙省略運用を使うと並び替えの自由度が下がる。
・新本店で“現に効力を有する事項のみ”が移記されるため、直近の変更履歴（例：商号）は新側に載らない。載せたいなら順序で調整する。
まとめ（運用指針）
１．系統を混ぜない（合併系／本店移転系を分ける）。
２．何をどの証明書に載せるかから逆算して順序を決める。
３．申請人表示と添付一式は同じ表示で統一（便宜旧本店の活用を含む）。
４．「手続終了」表示に依存せず、新管轄完了＝証明取得可能と覚える。
この設計を押さえておけば、登記審査の無用な往復や証明書の“載り方ミスマッチ”を避け、最短で必要書類を揃えられます。
手続きのご依頼・ご相談
本日は、合併・商号変更・他管轄本店移転を同日に行うときの登記実務、順序設計・申請人表示・証明書取得タイミングを整理しました。
会社法人登記（商業登記）に関するご依頼・ご相談は、司法書士法人永田町事務所までお問い合わせください。
