１つは税理士費用がかかるようになることです。個人事業主のときは、事業者が自分で申告書を作成することも容易でしたが、法人の場合は、個人事業主に比べて申告書が複雑かつ節税知識等専門性が必要となりますので、大半の法人は税理士に依頼をします。当然税理士に依頼をすれば税理士費用がかかります。
また、法人化した場合は、たとえ赤字であっても、維持費として法人住民税（均等割）が７万円かかります。また一定の場合には社会保険の加入が必要となり社会保険料の負担が増えるのも１つのデメリットであるといえるでしょう。