抵当権抹消登記の費用はいくらか、費用内訳・負担者・自分で申請する手順と注意点

結論（本コラムの要点）

・登録免許税は不動産1個あたり1,000円（土地＋建物なら通常2,000円）。20個以上を1件で申請する場合は2万円／件の特例あり。法務省資料の明記です。
・事前・事後の調査で取得する登記事項証明書は、窓口600円／通、オンライン郵送520円／通、オンライン窓口交付490円／通（2025年4月以降の手数料）。
・相続が絡むと、先に相続登記（0.4％）が必要になるため、抹消（1,000円／個）に加えて相続側の登録免許税が別途かかります。

費用の内訳（目安表）

区分	何にかかる費用か	金額のめやす	根拠
登録免許税（抹消）	抵当権抹消の登記	1,000円／不動産1個（土地＋建物＝2,000円）／20個以上を1件申請なら2万円／件	法務省の手続案内。(法務局)
登記事項証明書	事前・事後の確認（各1通想定）	窓口600円／通、オンライン郵送520円／通、オンライン窓口490円／通	法務省。(法務省, 法務局)
住所・氏名変更が必要な場合	表示変更登記など	登録免許税が追加（不動産1個につき1,000円が一般的）＋証明書の実費	（注）個別判断。
相続が必要な場合	まず相続登記→その後に抹消	相続登記：0.4％（評価額×0.4％）＋抹消1,000円／個	法務局案内・税制情報。(法務局)
司法書士報酬	依頼時の専門家費用	事件難易度・物件数等で変動（見積り前提）	—

証明書は原則2通（事前・事後）を見込みます。
オンライン手続に慣れていれば、490円×2＝980円で最安の運用が可能です。

誰が費用を負担するか（実務の慣行）

・ローン完済時：原則所有者が負担（金融機関との合意で例外あり）。
・売買に伴う抹消：通常売主負担（契約で合意すれば配分可・明記推奨）。
・相続発生時：相続人が負担。単独承継ならその相続人、共有承継なら按分や受益者負担など協議で明確化。

抹消の有無を確認する方法と実費

・登記事項証明書で確認（権利部乙区に「◯番抵当権抹消」の記載があるか）。
・交付手数料は窓口600円 / オンライン窓口490円 / オンライン郵送520円。オンラインが安いため、調査はオンライン請求が効率的です。

自分で抵当権抹消登記をする流れ（必要書類つき）

Step 1｜事前調査
登記事項証明書を取得し、物件特定・抵当権の順位番号を確認。

Step 2｜書類を揃える
・登記原因証明情報（解除証書・弁済証書 等）…金融機関が交付。
・抵当権者の委任状…金融機関が交付。
・抵当権者の資格証明情報（法人番号記載等で代替できる場合あり）。
・登記申請書（目的「◯番抵当権抹消」、原因・日付を明記）。
　※必要書類は法務省の公式「抵当権抹消の申請」案内のとおり。

Step 3｜申請
所在地の法務局に窓口／郵送／オンラインで申請（要・収入印紙）。

Step 4｜完了確認
・登記が完了したら登記事項証明書を再取得して抹消記載を確認。
・実務メモ：所有者の住所・氏名が変わっていても、抹消自体は進められるのが通常です（相続・合筆・地番更正など、前提整備が必要となる事情は個別に判断）。表示変更は同時または先行で整えると申請がスムーズです。

放置するデメリット

・売却できない／著しく不利：買主は「抵当権なし」を求めるのが通常。
・新規融資に不利：先順位抵当が残ると、担保としての評価が下がりやすい。
・相続時に負担増：結局、相続登記＋抹消の二重手当が必要に。

費用面の注意点（税務を含む）

・証明書実費は小さいが積み上がる：住所・氏名変更なら数百円～、相続が絡めば戸籍一式で数千円～になることも。
・譲渡費用への算入可否：不動産売却時の譲渡費用は「売却のために直接要した費用」が原則。抵当権抹消費用は原則として譲渡費用に含めない取扱いが示されています（大阪国税局の周知事例等）。扱いが微妙な事案は税理士に個別相談が安全です。

司法書士に依頼するメリット

・不備ゼロで一回完了：原因・日付、委任状、資格証明情報の整合が補正の主要因。
・相続・住所変更等を含む一括処理：相続→抹消→表示変更まで同時進行。
・費用の見通し可視化：登録免許税・証明書実費・報酬を事前見積り。

手続きのご依頼・ご相談

本日は、抵当権抹消登記の費用はいくらか、費用内訳・負担者・自分で申請する手順と注意点を解説いたしました。
会社法人登記（商業登記）に関するご依頼・ご相談は、司法書士法人永田町事務所までお問い合わせください。